cat test.fa
>gi|254939587|ref|NG_012567.1| Homo sapiens NADPH oxidase 1 (NOX1), RefSeqGene on chromosome X
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sed -e'/>/s/^[^|]*\|\(.*\)\|\(.*\)\|.*$/>\2/g' test.fa | sed 's/\.[0-9]*//g' > test2.fa
cat test2.fa
>NG_012567
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