How to convert a BED file with one line per gene/item into a BED file with one line per block

If a BED file  looks for example like this

chr1    11873    14361    AM992877    0    +    11873    14361    0    3    354,109,1141,    0,739,1347,
chr1    11873    14361    AM992881    0    +    11873    14361    0    3    354,127,959,    0,721,1529,
chr1    11873    14362    AM992878    0    +    11873    14362    0    5    354,52,436,299,404,    0,772,1347,1785,2085,
chr1    11873    14362    AM992879    0    +    11873    14362    0    3    354,109,1142,    0,739,1347,
chr1    11873    14409    AM992871    0    +    11873    14409    0    3    354,109,1189,    0,739,1347,

it contains one line for every mRNA (in this case), giving the mRNA start and end coordinates in the first three columns. However, the blocks' coordinates are given in the last two columns and if you use a tool such as, e.g., Bedtools, you can only find results for the whole length of the mRNA.
I wanted to get results based on the individual blocks of the mRNA.

To get these I wrote a script that turns the above BED file into this format:
chr1    11873    12227    AM992877    0    +    11873    14361    0    3    354,109,1141,    0,739,1347,
chr1    12612    12721    AM992877    0    +    11873    14361    0    3    354,109,1141,    0,739,1347,
chr1    13220    14361    AM992877    0    +    11873    14361    0    3    354,109,1141,    0,739,1347,
chr1    11873    12227    AM992881    0    +    11873    14361    0    3    354,127,959,    0,721,1529,
chr1    12594    12721    AM992881    0    +    11873    14361    0    3    354,127,959,    0,721,1529,
chr1    13402    14361    AM992881    0    +    11873    14361    0    3    354,127,959,    0,721,1529,
chr1    11873    12227    AM992878    0    +    11873    14362    0    5    354,52,436,299,404,    0,772,1347,1785,2085,
chr1    12645    12697    AM992878    0    +    11873    14362    0    5    354,52,436,299,404,    0,772,1347,1785,2085,
chr1    13220    13656    AM992878    0    +    11873    14362    0    5    354,52,436,299,404,    0,772,1347,1785,2085,
chr1    13658    13957    AM992878    0    +    11873    14362    0    5    354,52,436,299,404,    0,772,1347,1785,2085,
chr1    13958    14362    AM992878    0    +    11873    14362    0    5    354,52,436,299,404,    0,772,1347,1785,2085,
chr1    11873    12227    AM992879    0    +    11873    14362    0    3    354,109,1142,    0,739,1347,
chr1    12612    12721    AM992879    0    +    11873    14362    0    3    354,109,1142,    0,739,1347,
chr1    13220    14362    AM992879    0    +    11873    14362    0    3    354,109,1142,    0,739,1347,
chr1    11873    12227    AM992871    0    +    11873    14409    0    3    354,109,1189,    0,739,1347,
chr1    12612    12721    AM992871    0    +    11873    14409    0    3    354,109,1189,    0,739,1347,
chr1    13220    14409    AM992871    0    +    11873    14409    0    3    354,109,1189,    0,739,1347,

This is the script, which works nice, if the BED file has the exact same format as in the example:


import sys

infile = sys.argv[1]

infile_handle = open(infile)

for line in infile_handle.readlines():
    chr, chr_start, chr_end, name, score, strand, thickStart, \
    thickEnd, itemRGB, blockCount, blockSizes, blockStarts = \
    line.split('\t')
    chr_start = int(chr_start)
    chr_end   = int(chr_end)
    for i, blockSize in enumerate(blockSizes.split(',')[:-1]):
        blockSize = int(blockSize)
        blockStart = int(blockStarts.split(',')[:-1][i])
        s = "\t".join([chr, str(chr_start + blockStart), str(chr_start + blockStart + blockSize), name, score, strand, thickStart, thickEnd, itemRGB, blockCount, blockSizes, blockStarts])
        print s,